Die Brandenburgische Kulturstiftung Cottbus wurde im Juli 2004 als selbstständige Stiftung des öffentlichen Rechts gegründet. Sie vereinte zunächst das Staatstheater Cottbus und das dkw.Kunstmuseum Dieselkraftwerk. Zum 1. Juli 2017 wurden das Museum Junge Kunst Frankfurt (Oder) und das dkw.Kunstmuseum Dieselkraftwerk zum Brandenburgischen Landesmuseum für moderne Kunst unter dem Dach der Brandenburgischen Kulturstiftung Cottbus-Frankfurt (Oder) zusammengeführt.

Der Vorstand der Stiftung besteht aus der Verwaltungsdirektion, der Intendanz und der Museumsleitung. Stiftungsratsvorsitzende ist Brandenburgs Kulturministerin Dr. Martina Münch, ihr Stellvertreter der Cottbuser Oberbürgermeister Holger Kelch. Im Stiftungsrat sitzen außerdem weitere Vertreter*innen der Städte Cottbus und Frankfurt (Oder), des Landtages sowie des Landes Brandenburg.